Что такое файл Protein Data Bank (PDB)? Как открыть и просмотреть его в Windows 11?

Файл банка данных белков (PDB) — это формат файла, используемый для хранения трехмерных биологических данных. Файлы PDB обычно используются для хранения данных о белках, нуклеиновых кислотах и ​​других биомолекулах. Файлы PDB можно просматривать различными способами, в том числе с помощью таких программ, как PyMOL и VMD. В Windows 11 вы можете открыть файл PDB, перейдя в проводник, щелкнув вкладку «Вид», а затем выбрав параметр для отображения скрытых файлов и папок. Сделав это, вы сможете найти файл PDB, который хотите просмотреть. Файлы PDB являются важным инструментом для ученых, работающих с биомолекулами, поскольку они позволяют визуализировать и анализировать данные в трех измерениях. Таким образом, понимание того, как открывать и просматривать файлы PDB, является важным навыком для всех, кто работает в области биоинформатики или вычислительной биологии.

Файлы банка данных белков (PDB) представляют собой трехмерные молекулярные файлы, в которых хранятся молекулярные структуры. Теперь, если вам интересно, как открыть такие файлы на ПК, этот пост вас заинтересует. Здесь мы подробно обсудим файлы PDB и способы просмотра таких файлов в Windows 11/10. Итак, без лишних слов, давайте проверим это!

Что такое файл Protein Data Bank (PDB)?

Банк данных о белках (PDB) — это база данных трехмерных структурных данных белков, нуклеиновых кислот и других крупных молекул. Файл из ВВП Расширение файла в основном представляет собой файл, содержащий данные, относящиеся к структуре трехмерной биологической молекулы. Данные включают координаты атомов, структуры атомов, связность атомов, структуру белков, структуру нуклеиновых кислот и многое другое. Он также содержит экспериментальные метаданные.

Этот формат файла широко используется в биоинформатике для обмена координатами белка. Он содержит тысячи строк, описывающих структуру белка. Теперь, если вы хотите читать или просматривать файлы PDB на ПК с Windows, вам нужно использовать специальный сторонний инструмент, поскольку для этого нет родного приложения. В этом посте мы обсудим различные способы просмотра файла PDB в Windows 11/10.

Как просмотреть файл Protein Data Bank (PDB) в Windows 11?

Существует два способа просмотра файла Protein Data Bank (PDB) в Windows 11/10, а именно:

1. Используйте бесплатное программное обеспечение для просмотра файлов PDB.
2. Попробуйте бесплатный онлайн-инструмент для чтения файлов PDB.

1] Используйте бесплатное программное обеспечение для просмотра файлов PDB.

Вы можете использовать стороннее программное обеспечение Windows, которое позволяет открывать и просматривать файлы PDB. Для Windows доступно несколько бесплатных настольных приложений, которые вы можете попробовать. Вот несколько хороших, которые вы можете использовать:

• IQмоль
• Swiss-PdbViewer
• кумол
• Молекула
• РасМол

А] ИКмоль

IQmol — это бесплатный молекулярный редактор и программное обеспечение для визуализации с открытым исходным кодом для Windows 11/10. Используя его, вы можете просматривать PDB, а также различные другие файлы 3D-молекул, такие как MOL, SMI, CUBE, XYZ и т. Д. В этом программном обеспечении вы можете найти все важные инструменты молекулярной визуализации. Эти инструменты варьируются от базовых до продвинутых. Помимо просмотра файла PDB, вы также можете редактировать молекулярную структуру.

Это позволяет вам одновременно открывать несколько файлов PDB и просматривать их все одновременно. На панели Model View вы можете включить или отключить визуализацию одного или нескольких файлов PDB.

Основные характеристики IQmol:

Возможности этого бесплатного средства просмотра файлов PDB с открытым исходным кодом, которые вы можете изучить:

• Вы можете найти все стандартные инструменты просмотра файлов, включая увеличение/уменьшение масштаба (с помощью колесика мыши), панорамирование, поворот, полноэкранный режим, сброс вида, отображение осей и т. д.
• Он позволяет настраивать внешний вид модели, редактируя такие параметры, как шейдер, окружающее освещение, диффузия, сила тумана, блики, интенсивность шума, параметры POV-Ray и т. д.
• Вы также можете добавить атомные метки, такие как масса атома, частичный заряд, ЯМР, спиновая плотность и т. д.
• Это позволяет настроить параметры камеры по своему вкусу. Вы можете настроить проекцию камеры, положение и т. д.
• иметь удобный Автоматическое вращение функция, позволяющая автоматически поворачивать молекулярную модель.
• Текущее представление структуры белка можно сохранить в формате изображения, таком как PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS и т. д.
• Он также позволяет вам конвертировать PDB в другие файлы молекул, используя функцию «Сохранить как». Поддерживаемые выходные форматы: XYZ, MOL, MOL2, CML и т. д.
• Вы также можете использовать его Расчет функции для расчета энергия молекулярной структуры, силы, сканирование PES, переходное состояние, химические сдвиги, геометрия, энергия распада, поправка BSSE, и так далее.

В дополнение к функциям просмотра вы получаете специальное меню Build с набором функций молекулярного построения. Эти функции включают добавление новых атомов, вставку новых молекул, минимизацию структуры, настройку изотопов и многое другое.

Это действительно хорошее программное обеспечение для молекулярного моделирования, с помощью которого вы можете визуализировать файлы Protein Data Bank на своем ПК. Если вам нравится, качайте отсюда .

Видеть: Chem4Word — надстройка по химии для Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer — это специальная бесплатная программа для просмотра файлов PDB для Windows 11/10. Он позволяет визуализировать и анализировать несколько белковых структур одновременно. Вы можете анализировать структуру белка, структуру ДНК и т. д., содержащиеся в файле PDB. Помимо файла PDB, он также позволяет открывать и просматривать файлы MOL и MMCIF.

Когда вы открываете файл PDB, в интерфейсе отображается 3D-вид вместе с окном панели управления. Панель управления содержит общую информацию, список и название файла. Вы можете легко перемещать структуру, вращать ее, увеличивать/уменьшать масштаб и т. д.

Он также позволяет отображать или скрывать поверхность точки, основание, водородные связи, векторы силы и многое другое в соответствии с вашими предпочтениями. Вы также можете выделить разные части разными цветовыми схемами, чтобы лучше проанализировать структуру. Кроме того, вы можете использовать такие функции отображения, как Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels и другие.

В дополнение к инструментам визуализации вы также получаете множество функций молекулярного моделирования. Кроме того, он также включает расчет энергии, расчет водородных связей, анализ доменов, обнаружение доменов, создание трехмерных мотивов, построение кристаллографической симметрии и другие инструменты.

Вы можете скачать его с Официальный сайт .

Читать: Лучшее бесплатное программное обеспечение для анализа энергопотребления для Windows 11/10.

С] Qмоль

кумол — еще одна бесплатная программа для просмотра PDB для Windows 11/10. Это инструмент визуализации макромолекулярной структуры, с помощью которого вы можете просматривать файлы PDB. Другие файлы, которые вы можете открывать и просматривать в нем, это DX, MAP, MTZ, CNS и т. д.

Он позволяет переключаться между перспективным и ортогональным видами, вращать модель, увеличивать/уменьшать масштаб и т. д. Вы можете визуализировать модель с помощью POV-Ray и его методов рендеринга анимации. Визуализированная структура может быть сохранена в формате PNG. Также доступен инструмент измерения, который позволяет измерять расстояние, угол и поворот в модели.

Вы также можете найти некоторые дополнительные инструменты для дальнейшего анализа структуры белка. Эти инструменты включают Молекулярная суперпозиция, резак поверхности Mol, генерация поверхности Mol, редактор связей Mol, анализ взаимодействия, анимация морфинга Mol, и так далее.

Это хорошее программное обеспечение для визуализации и анализа структуры белка, присутствующей в файлах PDB.

Видеть: .LIT option # Как преобразовать LIT в EPUB или MOBI в Windows?

программное обеспечение для резервного копирования электронной почты

Г] Молекулы

Следующее программное обеспечение для просмотра PDB в этом списке — Molekel. Это довольно старое, но мощное программное обеспечение для молекулярной визуализации, которое позволяет открывать и просматривать файлы PDB. Вы можете найти множество инструментов молекулярной визуализации и анализа, которые позволяют анализировать структуры белков.

Он позволяет настроить отображение молекул, атомов, связей, остатков и т. д. Вы можете выбрать различные типы отображения для каждого из них, такие как Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape и т. д. Кроме того, вы можете настроить свойства 3D-вида, показать/скрыть ограничивающие рамки, использовать шейдеры и т. д. Он позволяет просматривать PDB-файл, изменяя электронную плотность поверхности структуру и добавление к структуре поверхности, доступной для растворителя.

ты можешь найти Анимация в нем есть функция воспроизведения анимации структуры молекулы. Он также имеет специальное меню «Анализ» с соответствующими инструментами. Используя инструменты анализа, вы можете определить данные сетки, плотность вращения, молекулярный электростатический потенциал, спектр излучения, расстояние, угол и многое другое для конструкции.

Он также позволяет конвертировать файлы PDB в различные форматы файлов. Эти форматы включают PDF, PS, EPS и изображения. Если вам это нравится, вы можете получить его Здесь .

Читать: Complete Anatomy App — достойная загрузка для Windows. .

Э] Расмол

Вы также можете использовать RasMol для просмотра файлов PDB в Windows 11/10. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, позволяющее визуализировать и анализировать молекулярные структуры. Он также поддерживает открытие и просмотр других файлов, таких как MOL, XYZ, CIF, MOPAC и т. д.

Он позволяет просматривать структуру в виде каркаса, основы, стержней, лент, прядей и т. д. Также можно выделять разные части конструкции разными цветами. Он также позволяет отображать или скрывать атомы водорода, гетероатомы, тени, метки и т. д. в соответствии с вашими предпочтениями. Вы также можете измерять расстояние, кручение, угол и другие значения в конструкции.

Это программное обеспечение доступно Здесь .

Видеть: Лучшее бесплатное программное обеспечение для 3D-анатомии человека для Windows.

2] Попробуйте бесплатный онлайн-инструмент для чтения файлов PDB.

Вы также можете использовать бесплатный онлайн-инструмент для открытия и просмотра файлов PDB. Все, что вам нужно сделать, это открыть веб-сайт в веб-браузере и загрузить файл PDB для его просмотра. Вот несколько хороших бесплатных онлайн-просмотрщиков PDB, которые вы можете попробовать:

• RCSB PDB
• Молсофт

A] RCSB PDB

Windows не может запустить службу политики диагностики

Вы можете использовать этот бесплатный онлайн-инструмент под названием RCSB PDB для визуализации файлов Protein Data Bank. Он позволяет импортировать файл PDB, а затем визуализировать и анализировать его молекулярную структуру.

Вы можете найти некоторые основные функции визуализации, такие как масштабирование, поворот, переключение расширенного вида порта, сброс камеры, переключение режима выбора и т. Д. Он также позволяет вам настраивать некоторые параметры или параметры управления, такие как режим камеры (перспектива или орфографический), цвет фона, на /выключенный. отключить окклюзию, включить/отключить туман, отсечение, местоположение и т. д.

Он поставляется с Анимировать функция. Используя это, вы можете автоматически вращать структуру белка. При этом вы можете регулировать скорость вращения и угол. Вы также получаете выделенный Измерение инструмент в нем. Используя этот инструмент, вы можете узнать несколько значений, таких как расстояние, ориентация, угол и многое другое.

В дополнение к этим функциям доступно несколько других удобных инструментов: поиск структурных мотивов, добавление компонентов, экспорт анимации, экспорт геометрии (STL, OBJ и т. д.) и экспорт модели.

В общем, это действительно хорошая бесплатная онлайн-просмотрщица PDB с отличным набором инструментов визуализации. Можешь попробовать Здесь .

Б] Молсофт

Molsoft — еще один онлайн-инструмент, который можно использовать для визуализации структур PDB. Это простая программа для просмотра файлов PDB с базовыми функциями. Во-первых, откройте его Веб-сайт и нажмите на опцию трехполосного меню. После этого выберите опцию «Открыть», чтобы импортировать локально сохраненный файл PDB или загрузить файл с вашего Google Диска. Когда вы выберете файл, он покажет вам молекулярную структуру в средстве просмотра.

Вы можете использовать различные режимы просмотра для визуализации структуры. Эти виды включают каркас, креатинфосфокиназу (КФК), шар и стержень, ленту и многое другое. Вы можете легко переключаться между этими режимами просмотра в соответствии с вашими требованиями. Кроме того, он позволяет включать или отключать метки атомов, метки остатков, водородные связи и сайты для лучшего понимания структуры.

Он также предоставляет инструменты измерения. В модели можно измерить расстояние, плоский угол и угол поворота. Кроме того, доступна удобная функция Color by, которая позволяет раскрашивать структуру по типу атома, цепи, выравниванию, вторичной структуре и т. д.

Это еще один хороший онлайн-просмотрщик файлов PDB, который вы можете попробовать бесплатно.

Как загрузить файл PDB из банка данных о белках?

Чтобы загрузить файл PDB из банка данных о белках, вы можете посетить веб-сайт банка данных о белках, ввести и найти название белка или макромолекулы, например человеческий гемоглобин, хитиназа и т. д. Затем выберите файл из результатов поиска и используйте опцию загрузки, чтобы загрузить файл PDB. Так просто, как, что.

Как просмотреть структуры PDB?

Молекулярные структуры PDB можно просмотреть с помощью специального онлайн-инструмента или программного приложения. Вы можете попробовать бесплатное программное обеспечение, такое как IQmol, Swiss-PdbViewer и CueMol, для визуализации и анализа структур PDB на вашем ПК. Если вы предпочитаете использовать онлайн-инструмент, есть много вариантов. Например, попробуйте такие веб-сервисы, как RCSB PDB и Molsoft. Это бесплатные онлайн-программы для просмотра файлов PDB, которые предоставляют расширенные инструменты молекулярной визуализации и анализа.

Как преобразовать файл PDB в PDF?

Чтобы преобразовать файл PDB в PDF, вы можете использовать это бесплатное настольное приложение под названием Molekel. Он предоставляет специальную опцию «Сохранить в PDF», которая позволяет конвертировать файл PDB в формат PDF. Вы можете открыть файл PDB, а затем нажать «Файл» > «Сохранить в PDF», чтобы преобразовать PDB в PDF. Мы подробно обсудили это программное обеспечение в этом посте, ознакомьтесь с ним выше.

Вот и все.

Теперь прочитайте: Лучшее бесплатное программное обеспечение для молекулярного моделирования для Windows.